Šoreiz vēlos pastāstīt mazliet par atvērtā pirmkoda projektu OpenBabel, kas aizsākās kā ķīmijas failu formātu konvertēšanas rīks un izauga par ķīmijas informātikas algoritmu bibliotēku, ko izmantot programmās, lai katram jaunam projektam nebūtu no jauna jāizgudro ritenis.
Sākotnēji tā bija programma Babel, kas spēja pārvērst savā starpā daudzus ķīmijas failu formātus. Šī programma tika plaši un ilgi lietota, un bija labi atzīta. Vēlāk no tās izveidojās OBabel, kas tā arī netika izlaists, taču tas noveda pie OELib, kas bija atvērtā pirmkoda projekts un brīvi pieejams. OELib vēlāk kļuva par OpenBabel (C++) un JOELib (Java), bet OpenEye izveidoja paši savu komerciālo bibliotēku OEChem.
OpenBabel tiek izmantots vairākās ar ķīmiju saistītās atvērtā pirmkoda programmās, piem., GChemPaint, GNOME Chemistry Utils, Ghemical u.c., kas gan pamatā tika veidotas Linux videi, taču daļa no tām ir pieejamas arī Windows vidē. Tas joprojām galvenokārt kalpo par ķīmijas failu formātu konvertēšanas, kā arī dažādas ķīmijas informācijas uzglabāšanas un apstrādes rīku (atomi, molekulas u.c.). Ir pieejams arī OpenBabel Python modulis, kas ļauj viegli izmantot OpenBabel funkcionalitāti programmās, kas rakstītas Python programmēšanas valodā.
Kā jau minēju, šīs programmas galvenais pielietojums ir ķīmijas failu formātu savstarpējā konvertēšanā. To izmanto galvenokārt modelēšanā un vispār darbā ar atomu sistēmu 3D struktūrām. Tas ir vajadzīgs tāpēc, ka daudzas modelēšanas un mazākā mērā arī vizualizācijas programmas atpazīst un var izmantot tikai vienu vai dažus noteiktus failu formātus, kas ne vienmēr ir tas pats, ko izmanto programma, kurā, piemēram, tiek zīmētas šīs struktūras (protams, ja vien pats OpenBabel vai tam ekvivalenta biblioteka nav iekļauta šādā programmā).
OpenBabel ir pieejams Linux, Macintosh un Windows vidēm. Grafiskais lietotāju interfeiss (GUI) pieejams Macintosh (iBabel) un Windows vidēm.
Instalācija ir vienkārša - to iespējams uzinstalēt tā pat kā jebkuru citu standarta programmu atbilstošajai operētājsistēmai.
Sākotnēji tā bija programma Babel, kas spēja pārvērst savā starpā daudzus ķīmijas failu formātus. Šī programma tika plaši un ilgi lietota, un bija labi atzīta. Vēlāk no tās izveidojās OBabel, kas tā arī netika izlaists, taču tas noveda pie OELib, kas bija atvērtā pirmkoda projekts un brīvi pieejams. OELib vēlāk kļuva par OpenBabel (C++) un JOELib (Java), bet OpenEye izveidoja paši savu komerciālo bibliotēku OEChem.
OpenBabel tiek izmantots vairākās ar ķīmiju saistītās atvērtā pirmkoda programmās, piem., GChemPaint, GNOME Chemistry Utils, Ghemical u.c., kas gan pamatā tika veidotas Linux videi, taču daļa no tām ir pieejamas arī Windows vidē. Tas joprojām galvenokārt kalpo par ķīmijas failu formātu konvertēšanas, kā arī dažādas ķīmijas informācijas uzglabāšanas un apstrādes rīku (atomi, molekulas u.c.). Ir pieejams arī OpenBabel Python modulis, kas ļauj viegli izmantot OpenBabel funkcionalitāti programmās, kas rakstītas Python programmēšanas valodā.
Kā jau minēju, šīs programmas galvenais pielietojums ir ķīmijas failu formātu savstarpējā konvertēšanā. To izmanto galvenokārt modelēšanā un vispār darbā ar atomu sistēmu 3D struktūrām. Tas ir vajadzīgs tāpēc, ka daudzas modelēšanas un mazākā mērā arī vizualizācijas programmas atpazīst un var izmantot tikai vienu vai dažus noteiktus failu formātus, kas ne vienmēr ir tas pats, ko izmanto programma, kurā, piemēram, tiek zīmētas šīs struktūras (protams, ja vien pats OpenBabel vai tam ekvivalenta biblioteka nav iekļauta šādā programmā).
OpenBabel ir pieejams Linux, Macintosh un Windows vidēm. Grafiskais lietotāju interfeiss (GUI) pieejams Macintosh (iBabel) un Windows vidēm.
Instalācija ir vienkārša - to iespējams uzinstalēt tā pat kā jebkuru citu standarta programmu atbilstošajai operētājsistēmai.
